Eine Cenote ist ein dolinenartiges Kalksteinloch, das durch den Einsturz einer Höhlendecke entstanden und mit Süßwasser gefüllt ist. Durch die Auflösung des Kaltgesteins bilden sich Höhlen und unterirdische Wasserfälle. Brechen die Decken dieser Höhlen ein, so entstehen Tagöffnungen die in der Fachsprache „Dolinen“ genannt werden und bis zum Grundwasser reichen können. Die Maya betrachteten sie als Eingänge zu Unterwelt und nutzten sie häufig als religiöse Opferstätten.
Mehr als 1000 Cenotes (span. Plural) sind im mexikanischen Bundesstaat Quintana Roo bekannt, eine weitaus geringere Zahl in benachbarten Bundesstaat Yucatán sowie Belize. Im Durchschnitt besitzten diese Cenotes eine Tiefe von etwas 15m und vereinzelt auch über 100m. Die Gesamtlänge aller erforschten Unterwasserhöhlensysteme in Quintana Roo beträgt nach dem Kentnisstand von Januar 2013 1085km.
Man geht davon aus, dass diese Höhlensysteme, die zum größten Teil unter Wasser stehen, der Grund für die Entwicklung der Maya- Zivilisation, besonders im nordwestlichen Teil von Yucatán, war. Die Maya nutzten die Cenotes als Brunnen, sie dienten damit der Wasserversorgung, die in nahezu allen anderen Hochkulturen durch große oberirdische Flüsse erfolgte, wie Nil, Euphrat, Indus oder Ganges. Daher bezeichnen einige Forscher das Höhlensystem auch als „großen Strom der Maya“.
Während der Regenzeit fließen die Wassermassen in den Aquifer ab. Süßwasser lagert sich in der Meeresnähe innerhalb der Höhlengänge auf dem Salzwasser ab, so dass beides übereinander existiert, sich aber nicht vermischt (Süßwasserlinse). Innerhalb der Höhle kommt es zu einer Ausbildung einer Sprungschicht, der sogenannten Haloklinie. Die Tiefe dieser Haloklinie nimmt von wenigen Metern in Meeresnähe kontinuirlich bis zu etwa 30m im Landesinneren zu.
Die Ufer in der Cenotenöffnungen sind mit Sumpfpflanzen und Seerosengewächsen bewachsen, das blanke Gestein unter Wasser mit krustierend wachsenden Rotalgen. Zudem leben an den Ufern Sumpfschildkröten, und oft sind die bissigen Schlammschildkröten im Wasser. Zu der Fischfauna gehören die Buntbarsche und Friedrichsthals Buntbarsch, die im Osten Yucatáns endemisch vorkommen. Außerdem findet man die blinde Brotulaart, der Spitzmaulkärpfling, der Segelkärpfling, der Schläfergrundel und die Salmerarten.
Im Nordwesten von Yucatán folgen die wasserführenden Schichten und damit die Höhlen der durch den Einschlag des Chicxulub- Meteroiten verursachten Brüchen und Verwerfungen. Der entstandene halbkreisförmige Ring von Cenotes bildet den ansonsten längst verschütteten Kraterrand bis heute. Er besitzt einen Kraterrand von 180km.